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Le filtre à diatomée se présente sous forme d'un petit container vertical intégrant des éléments filtrants en tissu, en polyester ou en résine de synthèse (dispositif plus récent). Tout comme le filtre à sable, le filtre à diatomée comprend une vanne multivoies (ou une poignée "bumper") et un manomètre pour contrôler la pression du filtre.

Une pression importante est synonyme de filtre colmaté. Un nettoyage du filtre de la piscine est alors nécessaire. Le principe de filtration repose sur l'utilisation d'une fine la poudre d'algues microscopiques unicellulaires appelée la diatomée. Versée dans le skimmer de la piscine, la poudre d'algues va être emprisonnée dans le corps du filtre entre deux membranes. La diatomée va alors reposer sur les éléments filtrants pour assurer une filtration d'une grande finesse (2 à 5 microns). Lorsque l'eau de piscine passe à travers le tissu, les particules de diatomées en suspension retiennent les impuretés. Le nettoyage du filtre est effectué soit par contre-lavage à l'aide de la vanne multivoie, soit par une poignée "bumper" qui permet de "casser" l'effet de colmatage du filtre.

Le filtre à diatomée doit être également démonter régulièrement pour un nettoyage des éléments filtrants à grande eau. La diatomée devra être renouvelée après chaque lavage. Le filtre à diatomées s'installe en sortie de pompe de piscine. Le filtre à diatomée est onéreux à l'achat. Toutefois, aux vues des performances de filtration, une économie substancielle est réalisée sur les produits de traitement.

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